기본적으로 일반과세자의 부가가치세는 매출세액(공급가액의 10%)에서 매입세액(매입가액의 10%)을 공제하여 산출되며, 기타 신용카드 등 매출전표 발행세액공제 등을 차감하고 가산세를 더하여 최종 신고납부세액이 산출된다. 이에 따라 거래징수 당한 매입세액을 공제 받을 수 있는 중요한 근거가 세금계산서이며 이를 수취하지 않은 경우에는 매입세액을 공제 받을 수 없다. 그러나 세금계산서를 수취하여도 공제 받을 수 없는 매입세액이 있는데, 세법에서 정한 매입세액 불공제 항목을 살펴보자.

1. 매입처별 세금계산서합계표의 미제출· 부실기재분 매입세액
사업자는 부가가치세 신고 시 수취한 세금계산서를 거래처별로 합계한 합계표를 제출해야 하는데 이를 제출하지 않거나 잘못 기재하여 제출한 경우에는 매입세액을 공제 받을 수 없으며, 다만 수정신고나 경정청구등을 통하여 올바르게 제출한 경우에는 공제가 가능하다.

2. 세금계산서의 미수취· 부실기재분 매입세액
세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부 받지 않거나 필요적 기재사항이 잘못 기재된 경우에는 이에 따른 매입세액을 공제 받을 수 없다.

3. 사업과 무관한 매입세액
사업자가 사업과 관련 없는 매입세액을 부담한 경우에는 이를 공제 받을 수 없다.

4. 비영업용 소형승용차의 구입 및 유지에 관한 매입세액
특별소비세법에서 열거되어 있는 8인 이하의 승용자동차, 지프형 승용차 등의 구입이나 유지관련 비용에 대한 매입세액은 공제가 불가능하며, 800cc이하의 일정한 차량은 제외된다.

5. 면세사업 관련 매입세액
면세사업은 부가가치세 매출세액이 면제되므로 이에 대한 매입세액도 공제되지 않으며, 과세사업을 함께 영위하는 경우에도 공통으로 발생한 매입세액을 면세사업 관련분은 안분계산하여 공제를 배제한다.

6. 토지 관련 매입세액
토지의 조성 등을 위한 지출에 관련된 매입세액은 공제하지 않는다.


7. 등록 전 매입세액
사업자등록 전의 매입세액은 공제하지 않으며, 다만 등록 전 역산하여 20일 내의 매입세액은 공제가 가능하다.